La revisione paritaria esterna del test RT-PCR per il rilevamento di SARS-CoV-2 rivela 10 carenze scientifiche essenziali a livello molecolare e metodologico: Conseguenze per risultati falsi positivi.

Caro lettore, oggi inizieremo con una citazione del Prof.Albert Einstein, (da una trasmissione radiofonica per United Jewish Appeal, 11 aprile 1943):

"La ricerca della verità e della conoscenza è una delle cose più belle di cui una persona è capace, anche se l'orgoglio in questa ricerca è per lo più sulle labbra di coloro che sono meno pieni di tali occupazioni".

Il mondo è con la per quasi un anno Pandemia di corona impiegato. Sono state prese molte misure per controllare la situazione. Noi del DTT Science-Tank Team non abbiamo mai affrontato il tema della pandemia corona. Il motivo è abbastanza semplice. Per formare un'opinione scientifica su un argomento, è necessaria una disputa sana e rispettosa, soprattutto nella scienza. I buoni scienziati l'hanno sempre fatto. Se guardi solo alla storia della fisica quantistica e alle varie leggendarie faide tra scienziati, impari come funziona la scienza. Purtroppo ha avuto luogo nel presente Crisi della corona Non stanco di una vera disputa, fino ad ora.

Inutile dire che la base per varie misure da parte dei governi è il Test PCR rappresentare.

Il lavoro pubblicato all'inizio del 2019: Rilevamento del nuovo coronavirus del 2019 (2019-nCoV) mediante RT-PCR in tempo reale - essere trovato qui (https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045)

Autori:

Victor M Corman, Olfert Landt, Marco Kaiser, Richard Molenkamp4, Adam Meijer, Daniel KW Chu6, Tobias Bleicker1, Sebastian Brünink, Julia Schneider, Marie Luisa Schmidt1, Daphne GJC Mulders4, Bart L Haagmans, Bas van der Veer, Sharon van den Brink , Lisa Wijsman, Gabriel Goderski, Jean-Louis Romette, Joanna Ellis, Maria Zambon, Malik Peiris, Herman Goossens, Chantal Reusken, Marion PG Koopmans, Christian Drosten   

è conosciuto. Era ed è forse ancora considerato il principale fattore scatenante per l'attuazione di Test PCR.

Senza entrare nei dettagli del lavoro, vorremmo entrare in uno Rapporto di revisione attirare l'attenzione:

Fonte immagine: Pixabay

La revisione paritaria esterna del test RTPCR per rilevare SARS-CoV-2 rivela 10 principali difetti scientifici a livello molecolare e metodologico: conseguenze per risultati falsi positivi - essere trovato qui (https://cormandrostenreview.com/report/)      

Autoren:

Pieter Borger, Bobby Rajesh Malhotra, Michael Yeadon, Clare Crai, Kevin McKernan, Klaus Steger, Paul McSheehy, Lidiya Angelova, Fabio Franchi, Thomas Binder, Henrik Ullrich, Makoto Ohashi, Stefano Scoglio, Marjolein Doesburg-van Kleffens, Dorothea Gilbert, Rainer Klement, Ruth Schruefer, berbero W. Pieksma, Jan Bonte, Bruno H. Dalle Carbonare, Kevin P. Corbett, Ulrike Kämmerer             

      
L'articolo è una traduzione in tedesco dei punti essenziali della recensione: Fonte (https://cormandrostenreview.com/report/):

La revisione paritaria esterna del test RT-PCR per il rilevamento di SARS-CoV-2 rivela 10 carenze scientifiche essenziali a livello molecolare e metodologico: Conseguenze per risultati falsi positivi.

Nella pubblicazione dal titolo "Rilevamento del nuovo coronavirus del 2019 (2019-nCoV) mediante RT-PCR in tempo reale"(Eurosurveillance 25 (8) 2020) gli autori forniscono un flusso di lavoro diagnostico e un protocollo RT-qPCR per il rilevamento e la diagnosi di 2019-nCoV (ora noto come SARS-CoV2) che affermano è convalidato e fornisce una solida metodologia diagnostica da utilizzare nei laboratori di sanità pubblica. In considerazione delle conseguenze di questa pubblicazione per le società di tutto il mondo, un gruppo di ricercatori indipendenti ha effettuato una revisione punto per punto della suddetta pubblicazione in cui

1) tutti i componenti del progetto di prova presentato sono stati verificati,

2) il Raccomandazioni sul protocollo RT-qPCR sono stati valutati per una buona pratica di laboratorio

,

3) i parametri sono stati esaminati utilizzando la letteratura scientifica pertinente nel settore.

Quello pubblicato Protocollo RT-qPCR per l'individuazione e la diagnosi di 2019-nCoV e il manoscritto presentano numerosi errori tecnici e scientifici, tra cui un disegno del primer inadeguato, problematico e inadeguato Protocollo RT-qPCR e la mancanza di un'esatta Validazione del test. Né il test presentato né il manoscritto stesso soddisfano i requisiti per una pubblicazione scientifica accettabile. Inoltre, non vengono menzionati gravi conflitti di interesse degli autori. Infine, il brevissimo periodo di tempo tra l'invio e l'accettazione della pubblicazione (24 ore) suggerisce che una sistematica Processo di revisione tra pari o non è stato eseguito qui o è di qualità problematicamente scarsa. Forniamo prove convincenti di diverse inadeguatezze scientifiche, Difetti e difetti.

Alla luce delle carenze scientifiche e metodologiche qui presentate, siamo fiduciosi che la redazione di Eurosorveglianza non ha altra scelta che pubblicare ritirarsi.

CATALOGO RIEPILOGATIVO DEI DIFETTI TROVATI NELLA CARTA

L´ Carta Corman-Drosten contiene i seguenti errori specifici:

1. Non vi è alcun motivo specifico per l'utilizzo di queste concentrazioni estremamente elevate di primer in questo protocollo. Le concentrazioni descritte portano ad un aumento del legame aspecifico e all'amplificazione del prodotto PCR, il che rende il test inadatto come strumento diagnostico specifico per la rilevazione del virus SARS-CoV-2.

2. Sei posizioni instabili non specificate determinano un'enorme variabilità nelle implementazioni di laboratorio reali di questo test; la descrizione confusa e aspecifica contenuta nel documento Corman-Drosten non è adatta come protocollo di lavoro standard, il che rende il test inadatto come strumento diagnostico specifico per l'identificazione del virus SARS-CoV-2.

3. Il test non è in grado di distinguere tra l'intero virus e frammenti virali. Pertanto, il test non può essere utilizzato come strumento diagnostico per virus intatti (infettivi), il che significa che il test non è adatto come strumento diagnostico specifico per identificare il virus SARS-CoV-2 e consente di trarre conclusioni sulla presenza di un infezione.

4. Una differenza di 10 ° C rispetto alla temperatura di annealing Tm per la coppia di primer 1 (RdRp_SARSr_F e RdRp_SARSr_R) rende inoltre il test inadatto come strumento diagnostico specifico per l'identificazione del virus SARS-CoV-2.

5. Un errore fatale è la mancanza di un valore Ct al quale un campione è considerato positivo e negativo. Questo valore Ct non si trova anche nelle applicazioni successive, il che rende il test inadatto come strumento diagnostico specifico per la rilevazione del virus SARS-CoV-2.

6. I prodotti della PCR non sono stati validati a livello molecolare. Questo fatto rende il protocollo inutilizzabile come strumento diagnostico specifico per la rilevazione del virus SARS-CoV-2.

7. Il test PCR non contiene un controllo positivo univoco per valutare la sua specificità per SARS-CoV-2, né un controllo negativo per escludere la presenza di altri coronavirus, il che rende il test uno strumento diagnostico specifico per identificare SARS-CoV-2 Il virus non è adatto.

8. Il disegno del test nel documento Corman-Drosten è così vago e imperfetto che si può andare in dozzine di direzioni diverse; niente è standardizzato e non ci sono SOP. Ciò mette fortemente in discussione la validità scientifica del test e lo rende inadatto come strumento diagnostico specifico per l'identificazione del virus SARS-CoV-2.

9. Molto probabilmente, il documento Corman-Drosten non è stato sottoposto a peer review, rendendo il test inadatto come strumento diagnostico specifico per l'identificazione del virus SARS-CoV-2.

10. Troviamo gravi conflitti di interesse in almeno quattro autori, oltre al fatto che due degli autori del documento Corman-Drosten (Christian Drosten e Chantal Reusken) sono membri del comitato editoriale di Eurosurveillance. Il 29 luglio 2020 è stato aggiunto un conflitto di interessi (Olfert Landt è amministratore delegato di TIB-Molbiol; Marco Kaiser è ricercatore senior presso GenExpress e funge da consulente scientifico per TIB-Molbiol), che non era dichiarato nella versione originale (e in PubMed -Version manca ancora); TIB-Molbiol è la società che è stata "la prima" a produrre kit PCR (Light Mix) sulla base del protocollo pubblicato nel manoscritto Corman-Drosten e, nelle sue stesse parole, ha venduto questi kit di test PCR anche prima della pubblicazione [20 ]; Inoltre, Victor Corman e Christian Drosten non hanno menzionato la loro seconda affiliazione: il laboratorio di prova commerciale "Labor Berlin". Entrambi sono responsabili della diagnostica antivirus in loco [21] e l'azienda è attiva nel campo dei test PCR in tempo reale.

CONCLUSIONE

La decisione su quali protocolli di prova dovrebbero essere pubblicati e resi generalmente accessibili spetta a Eurosurveillance. La decisione di riconoscere gli errori che sono evidenti nello studio Corman-Drosten ha il vantaggio che i costi e le sofferenze delle persone saranno notevolmente ridotti al minimo in futuro.
Non è nel miglior interesse di Eurosurveillance ritirare questo documento? La nostra conclusione è chiara. Dati tutti gli enormi difetti e difetti di progettazione del protocollo PCR descritti qui, concludiamo che non è rimasta molta scelta nel quadro dell'integrità e della responsabilità scientifica.

[1] Corman Victor M, Landt Olfert, Kaiser Marco, Molenkamp Richard, Meijer Adam, Chu Daniel KW, Bleicker Tobias, Brünink Sebastian, Schneider Julia, Schmidt Marie Luisa, Mulders Daphne GJC, Haagmans Bart L, van der Veer Bas, van den Brink Sharon, Wijsman Lisa, Goderski Gabriel, Romette Jean-Louis, Ellis Joanna, Zambon Maria, Peiris Malik, Goossens Herman, Reusken Chantal, Koopmans Marion PG, Drosten Christian. Rilevamento del nuovo coronavirus del 2019 (2019-nCoV) mediante RT-PCR in tempo reale. Euro Surveill. 2020; 25 (3): pii = 2000045. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045

[2] Comunicazione e-mail tra il Dr. Peter Borger e il Dr. Adam Meijer: materiale supplementare

[3] Jafaar et al., Correlazione tra 3790 reazione quantitativa a catena della polimerasi - campioni positivi e colture cellulari positive, inclusi 1941 isolati di Coronavirus 2 con sindrome respiratoria acuta grave. https://academic.oup.com/cid/advance-article/doi/10.1093/cid/ciaa1491/5912603

[4] BBC, 21 gennaio 2020: https://www.bbc.com/news/world-asia-china-51185836;
Archivio: https://archive.is/0qRmZ

[5] Google Analytics - COVID19-morti in tutto il mondo: https://bit.ly/3fndemJ
Archivio: https://archive.is/PpqEE

[6] Test di laboratorio per il COVID-19 Emergency Response Technical Center, NIVD under
China CDC 15 marzo 2020: http://www.chinacdc.cn/en/COVID19/202003/P020200323390321297894.pdf

[7] Manuale sulla PCR in tempo reale Life Technologies: https://www.thermofisher.com/content/dam/LifeTech/global/Forms/PDF/real-time-pcr-
handbook.pdf Nolan T, Huggett J, Sanchez E. Good practice guide for the application of quantitative PCR (qPCR) Prima edizione 2013

[8] Trestan Pillonel et al, Lettera all'editore: rilevamento SARS-CoV-2 mediante RT-PCR in tempo reale: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7268274/

[9] Kurkela, Satu e David WG Brown. "Tecniche di diagnostica molecolare". Medicina 38.10
(2009): 535-540.

[10] Wolfel et al., Valutazione virologica dei pazienti ospedalizzati con COVID-2019
https://www.nature.com/articles/s41586-020-2196-x

[11] Strumento web Thermofischer Primer Dimer: https://www.thermofisher.com/us/en/home/brands/thermo-scientific/molecular-biology/molecular-biology-learning-center/molecular-biology-resource-library /thermo-scientific-web-tools/multiple-primer-analyzer.html

[12] Primer-BLAST, NCBI - National Center for Biotechnology Information: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/

[13] Marra MA, Steven JMJ, Caroline RA, Robert AH, Angela BW et al. (2003) Science. La sequenza del genoma del coronavirus associato alla SARS. Science 300 (5624): 1399-1404.

[14] Sindrome respiratoria acuta grave coronavirus 2 isolato Wuhan-Hu-1, genoma completo: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947

[15] Borger P. Un Coronavirus simile alla SARS era previsto, ma non è stato fatto nulla per essere preparati. Presso J Biomed Sci Res 2020. https://biomedgrid.com/pdf/AJBSR.MS.ID.001312.pdf
https://www.researchgate.net/publication/341120750_A_SARS-like_Coronavirus_was_Expected_but_nothing_was_done_to_be_Prepared;  Archivio: https://archive.is/i76Hu

[16] Processo di valutazione / revisione del documento Eurosurveillance: https://www.eurosurveillance.org/evaluation

[17] Raccomandazione ufficiale del protocollo e del manoscritto Corman-Drosten dell'OMS, pubblicata il 13 gennaio 2020 come versione 1.0 del documento: https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/wuhan-virus -assaggio-
v1991527e5122341d99287a1b17c111902.pdf; archive: https://bit.ly/3m3jXVH

[18] Raccomandazione ufficiale dell'OMS per il protocollo Corman / Drosten RT-qPCR, che deriva direttamente dalla pubblicazione Eurosurveillance, versione documento 2-1, pubblicata su
17th January 2020: https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/protocol-v2-1.pdf?sfvrsn=a9ef618c_2

[19] Comitato editoriale di Eurosurveillance, 2020: https://www.eurosurveillance.org/upload/site-assets/imgs/2020-09-Editorial%20Board%20PDF.pdf; Archivio: https://bit.ly/2TqXBjX

[20] Istruzioni per l'uso LightMix SarbecoV E-gene plus EAV Control, TIB-Molbiol & Roche Molecular Solutions, 11 gennaio 2020: https://www.roche-as.es/lm_pdf/MDx_40-0776_96_Sarbeco-E-gene_V200204_09164154001 (1 ) .PDF
Archivio, timestamp - 11 gennaio 2020: https://archive.is/Vulo5;  Archivio: https://bit.ly/3fm9bXH [21] Christian Drosten e Victor Corman, responsabili della diagnostica virale al Labor Berlin:
https://www.laborberlin.com/fachbereiche/virologie/  Archivio: https://archive.is/CDEUG

[22] Tom Jefferson, Elizabeth Spencer, Jon Brassey, Carl Heneghan Colture virali per la valutazione dell'infettività COVID-19. Revisione sistematica. Revisione sistematica doi: https://doi.org/10.1101/2020.08.04.20167932-XNUMX-XNUMX-XNUMX https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.08.04.20167932v4

[23] Kim et al., The Architecture of SARS-CoV-2 Transcriptome: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867420304062

[24] Risposta dell'ECDC al dott. Peter Borger, 18 novembre 2020: materiale supplementare

[25] Prof. Dr. Ulrike Kämmerer e team, sondaggio e tavolo Primer-BLAST